1、建筑企業的分公司可以分成兩類：一是因內部管理需要而設立，但并未辦理工商登記的分公司，這種內部分公司多與總公司在同一地區；二是異地施工迫于當地要求而辦理工商登記的分公司。
2、對于內部分公司，其實質上屬于事業部，不具備獨立的納稅資格，對外發生經營業務，是以總公司名義開展，也是以總公司的名義開具發票。
在會計核算上一般與總公司分賬核算，在編制報表時，需要由總公司進行匯總，通過總公司向稅務機關申報納稅。
因此，內部分公司與總公司之間發生業務往來均不涉及任何稅收。上交利潤或者管理費，一般通過「內部往來」科目核算。
3、對于辦理工商登記的分公司而言，一般為獨立的增值稅納稅人，企業所得稅方面，又可分為獨立核算的分公司和非獨立核算的分公司。
4、總公司與分公司之間發生業務往來，屬于增值稅征稅范圍的，應當計算繳納增值稅，如上交管理費、調撥資金、轉售材料貨物等；不屬于增值稅征稅范圍的，不繳納增值稅，如上交利潤。
5、獨立核算的分公司，獨立繳納企業所得稅，以分公司為納稅主體，核算其收入、成本、費用、損失等。向總公司上交的管理費，如符合獨立交易原則，憑總公司開具的發票可在分公司稅前列支；總公司相應確認企業所得稅收入。
如向總公司上交稅后利潤，則不屬于增值稅征稅范圍，可直接通過「利潤分配」科目核算，以總公司開具的收據做為會計憑證。
6、非獨立核算的分公司，與總公司合并繳納企業所得稅，或者適用總分機構匯總納稅規定，在計算應納稅所得額時，總分公司為一個納稅主體。
分公司向總公司上交的管理費或者利潤，無論增值稅如何處理，會計上如何核算，均不影響總分公司的應納稅所得額。
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